L’ISA-CM dispose de 5 départements de formation et de recherche qui sont :

• Département d’ingénierie et aménagement du paysage
• Département des ressources animales, de l’agro-alimentaire et du développement rural
• Département des sciences biologiques et de la protection des végétaux
• Département des sciences horticoles
• Département du génie des systèmes horticoles et milieu naturel

Ces 5 départements ont une mission première de nature pédagogique. Ils sont, collectivement, des éléments moteurs de l’élaboration de parcours de formation largement pluridisciplinaires et intégrés.